Regelmäßiger Wasserwechsel ist der eine Teil der Pflege des Wassers, der andere ist die Filterung. Das Motto lautet: Nur aus dem Aquarium enfernter Dreck ist guter Dreck. Dabei nutzt es aber gar nichts, wenn der Mulm im Filter landet und dann dort vergammelt. So kann man ihn gleich im Aquarium belassen. Der Filter sollte deshalb regelmäßig gereinigt werden. Je nach Filtertyp und Beckenbesatz empfiehlt es sich ein Rhytmus von wenigen Tagen bis mehreren Wochen. Als Anhaltspunkt dient, neben der optischen kontrolle des Filtersubstrates, der Wasserdurchsatz. Verringert sich dieser, befindet sich bereits viel zu viel Mulm im Filter, eine Reinigung ist dann überfällig.
Aquarienfilter sind wahre Brutstätten für Bakterien, was ja eigentlich im Sinne des biologischen Abbaus von Stoffen ist. Tatsache ist aber auch, das gerade langzeitig betriebene Filter besonders viele Bakterien an das Aquariumwasser abgeben können. Und das träg nicht zum wohlbefinden der Fische bei. Keinste Hautverletzungen führen zu Entzündungen, das Abwehrsystem des Fisches läuft auf Hochtouren, kurz gesagt, die Fische stehen unter Stress. Regelmäßige Filterreinigung und Wasserwechsel helfen, die Keimzahlen zu senken, was im sinne der Aquarien-Hygiene ist. Man mag einwenden, das dies für alle Fische gilt Natürlich stimmt das. Aber ganz besonders wichtig ist es für Malawiseebuntbarsche. Diese Arten sind einen hohen stress durch Bakterien nicht gewohnt.
Das Wasser des Sees ist relativ keimarm, also nicht zu vergleichen mit den in der Regel viel stärker belastetten Flüßen und Tümpeln. Ein vergleich mit Cichliden aus derartigen Gewässern zeigt auch, dass diese Arten viel robuster gegenüber schlechter Wasserqualität sind. Manche Züchter von mbnas gehen sogar soweit, dass sie UV-Licht einsetzen, um die Keimzahlen zu verringern. Die Erfolge dürften ihnen recht geben, auch wenn dieser Aufwand für das normale Aquarium nicht nötig ist, sofern man die obrigen Empfelungen zur Wasserpflege beherzigt. Wie und mit welchen Filtertyp das Wasser gereinigt wird ist nicht entscheident. Wichtig sind allein zwei Dinge: Durch die Filterung sollte eine ausreichend starke Strömung erzeugt werden, um Schmutzpartikel und Kotfäden zur Filteransaugstelle zu Transportieren. Und, wie gesagt, der Filter sollte regelmäßig gereinigt werden.